早在1993年，甲单位以出让方式取得了一处国有土地使用权，原拟在该处建办公楼，后因经济原因未能进行，而将土地闲置了一段时间 (尚未办理建房批准手续)。此后，有乙企业与该单位协商，由乙企业在该土地上兴建厂房。双方约定：房屋建成后，由乙企业使用十年，十年时间届满，将土地使用权归还给甲单位，房屋所有权也同时归甲单位所有，但甲单位应当对房屋造价予以适当补偿。双方就此签订了协议。房屋建成后，由乙企业使用，并由乙企业凭规划部门发给乙企业的建设工程规划许可证领取了房屋权属证书。

2001年，乙企业改制，变成了自然人张某的个人独资企业。在2003年，张某的个人独资企业营业执照被工商行政管理部门吊销。张某向登记机关提出：他是个人独资企业，企业财产是他一人所有，要求将房屋产权变更为张某个人所有。当时，登记机关为之办理了变更登记，将房屋所有权人名称改咸了张某。不久，张某向银行贷款，将该房产进行抵押，并办理了抵押权登记。 2006年，贷款期限届满，张某未能还款。银行向法院起诉，要求行使抵押权。但此时甲单位提出：该单位至今仍持有该处的国有土地使用证，按照该单位与乙企业签订的协议，由乙企业使用十年的期限已到，房屋所有权理应归他们所有。因而，不服登记机关为张某颁发房屋权属证书这一行政行为，向人民法院提起了行政诉讼，银行向法院提起的民事诉讼被中止审理。尔后，法院判决确认登记机关为张某发房屋权属证书这一行政行为违法，诉讼当事人均未上诉。再后，银行和甲单位都找登记机关要求赔偿。在这种情况下，登记机关是否要承担全部赔偿责任?

首先，并非是行政机关的行政行为违法就一定要承担赔偿责任。按《中华人民共和国国家赔偿法》(以下简称《国家赔偿法》)的相关规定，在同时具备以下条件时，行政机关才应当承担赔偿责任。一是行政机关有违法行为；二是提出赔偿请求的当事人存在财产损害的事实；三是这种损害与行政机关的违法行为有因果关系。

其次，国家赔偿是一种补充的责任，即“受害人应先通过其他途径获得赔偿，在穷尽其他求偿手段均无法获得赔偿时，方可提起行政赔偿之诉，由登记主管机关承担补充赔偿责任”(最高人民法院王达博士著：《房屋所有权、抵押权登记行政诉讼理论与实务》第127页)。

我们依此来分析本案中登记机关的赔偿责任：

一、登记机关为张某办理变更登记违法。

可能是应当事人的诉讼请求，法院审理的是登记机关为张某发房屋权属证书这一行政行为。个人独资企业并非个体工商户，从个人独资企业变更为张某个人所有，应是转移登记，而不是变更登记。不同的登记种类，应收取不同的登记文件，因此，这一登记行为不能成立是显而易见的。但是法院没有判决撤销这一行政行为，而是判决确认登记机关为张某发房屋权属证书这一行政行为违法。因此，可以确定这是一个违法的行政行为。

二、本案以“确认违法”判决不甚妥当。

确认行政行为违法，是依据最高人民法院《关于执行<中华人民共和国行政诉讼法)若干问题的解释》第五十七条第二款第一、第二项和第五十八条的规定作出的一种判决。如果被确认违法，被诉行政行为至少应有以下之一的违法行为：

1．不履行法定职责，但判决责令行政机关履行法定职责已无实际意义的；

2．被诉具体行政行为违法，但不具有可撤销内容的；

3．被诉具体行政行为违法，但撤销该具体行政行为将会给国家利益或者公共利益造成重大损失的。

法院确认变更登记违法，按前述最高人民法院的司法解释，只能理解为本案如果撤销变更登记，将会给国家利益或者公共利益造成重大损失，但是在本案中，如撤销变更登记，只是银行的利益因之会有损失。但商业银行的利益很难称得上是国家利益或公共利益。本案中存在可以撤销的内容，以确认违法来处理十分牵强。

另外行政行为被确认为违法后，如果因为这一违法行为造成当事人损失的，行政机关同样应当承担赔偿责任。但仅确认变更登记违法，并不能确定银行是否能行使抵押权，对解决当事人之间、当事人和登记机关之间的纠纷并无丝毫帮助。

三、本案中财产当事人受到的财产损害尚无法确定。

1．法院并未撤销抵押登记行为，因此，抵押登记仍然应当推定其有效。银行向法院提起的要求行使抵押权的民事诉讼因行政诉讼而中止，行政诉讼结束后，应恢复审理。如抵押权能行使，银行就没有经济损失。

如抵押登记行为无效，银行的抵押权即不能行使，但抵押权无效并不影响主合同的效力，银行仍可按普通的债权向张某追索，如无法追偿，才有经济损失。

2．甲单位为了要达到取得该处房产的目的，本来应同时向法院诉请撤销为银行办理的抵押权登记。如果张某的房屋所有权登记及抵押权登记均被撤销，甲单位就没有损失。如均未撤销，损失的是国有土地使用权。对地上所建的房屋，则由于当初双方协议中有“甲单位应当对房屋造价予以适当补偿”的条款，无论该协议是否有效，这一部分并不能或不能全部计入损失。